南京户部负责征收南直隶以及浙江、江西、湖广诸省的税粮。同时还负责漕运、全国盐引勘合。

大明从始至终，南京户部一直负责

这一事务，其中只有两年南京户部不负责这个事务。

正德三年，刘瑾变法，由北京户部负责，“南京引板，俱令销毁”，但在正德五年，刘瑾被诛后户部奏请“刷印盐引，仍隶南京户部”，获得批准，此后一直未变。

南京户部侍郎因此经常兼任总理粮储。

南京兵部负责南京地区的守备，南京地区的四十九个卫，都隶属南京兵部尚书指挥。

南京兵部尚书一般挂“参赞机务”衔，会同镇守太监和南京守备勋臣共同管理南京的全部事务。

南京吏部负责南京地区官员六年一度的京察考功，北京吏部不得干涉。

南京刑部负责南京诸司、公侯伯府、京卫所的刑名，明史上刘瑾就曾经因为南京刑部尚书吴洪依法断案不合其意而矫诏令其致仕。

南京工部的职责与北京中央的工部相仿，只是管辖地区限于南京及附近各省。

此外，南京工部也负责部分南方的税收（名义上叫“竹木抽分”，明朝工部、兵部都有收税权，并非户部独有）。

另外，南京户部刷印盐引勘合的铜版要由南京工部负责铸造。

南京礼部没有太多职权，因为皇帝鲜少来南京，礼仪祭祀活动并不多。