第二日洪武帝便颁布旨意，将大都督府一分为五，改称“五军都督府”。五军都督府只有统兵权，没有调兵权。调兵权在兵部。同时削弱武将地位，无爵同级官员，武见文低三级。大明初步形成了“以文治武”的局面。为防功勋老将不满，洪武帝又颁布旨意，公、侯超品。文臣见到公爵、侯爵，还是要行礼。

洪武帝借着胡惟庸案进行的这一系列官制、军制改革，归根结底都是想要给太子朱标留下一个安定的江山，将一切不稳定因素扼杀在摇篮里。

日子一天天过去，毛骧那边杀的胡惟庸党羽越来越多。及至洪武十三年夏，亲军都尉府已将四百三十八名“胡党”斩首。因洪武帝之前有旨，胡党官员一律诛族。又有八千多名胡党的家眷一同被杀。丢官、罢职、流放、充军者更是不计其数。

胡惟庸案的追查却远未停止。因为洪武帝尝到了甜头。看谁不顺眼就给他扣上一顶胡党的帽子，杀起人来极为便当。