，解除了前期北元对于对大明帝国的威胁，出于严谨此事实不能代表北元诸部都已降明。

接下来明太祖又让明大将军：蓝玉，为主将去征讨下一个主要目标，乃是北元益宗乌萨哈尔可汗天元宁皇帝：孛儿只斤·脱古思帖木尔，扫灭漠北在此一举，因此明太祖要求明大将军勿失时机必须成功。

果然到了明洪武二十一年公元1388年4月12日，明凉国公：蓝玉，率15万明军以及所认义子北伐走到岭北行省庆州路时，据探马来报得知北元益宗的牙帐设在捕鱼儿海便抄近路兼程而进，明凉国公命明定远侯：王弼，为前锋迅速出击直奔北元牙帐中军大营与10万北元军队交战，直接包围牙帐。

待明凉国公本部明军到达之后一举俘虏了，北元益宗次子：孛儿只斤·地保奴、北元吴亲王：孛儿只斤·朵儿只、嫔妃、公主、郡主等一百二十三人、官员三千人、北元降军七万七千多、马驼牛羊十五万头以及大量印章、图书、兵器、车辆，唯独北元益宗与北元皇太子：孛儿只斤·天保奴、北元枢密院知院：捏怯来、北元左丞相：孛儿只斤·失烈门，等数十骑逃走此役明军大胜北元开始走向分裂与灭亡。

同时接受了大明帝国赐封又让全国改穿「大明衣冠」的高丽禑郡王：王禑，因为大明在原属于蒙元帝国治理下的（双城总管府）地区铁岭路立（卫）的关系与大明产生了矛盾，又在高丽六道都巡察使兼铁原府院君：崔莹，的挑唆下派出了高丽左军都统使：曹敏修、高丽右军都统使：李成桂，两人出兵攻辽东都指挥使司。

5月13日高丽右军都统使渡过鸭绿江后，发觉行军困难粮饷不济，就上书要求班师回朝，可怎奈高丽禑郡王不听！

于是高丽右军都统使劝服高丽左军都统使，果断在威化岛撤军返回开京，并以武力逼宫流放了高丽六道都巡察使，从此两人掌握了高丽政权。

6月高丽右军都统使就逼高丽禑郡王退位，以上王之尊退居江华岛，但高丽左军都统使却在高丽守门下侍中：李穑，的支持下改立高丽禑郡王长子：王昌，即位，在以高丽右军都统使为高丽东北面朔方、江陵道都统使，赐忠勤亮节宣威同德安社功臣之号。

11月被迁居到黄骊府的高丽上王：王禑，不甘心被软禁他意图复辟还派人刺杀高丽江陵道都统使：李成桂，怎奈事败被告发，而且恰好高丽昌郡王：王昌，在遣使朝贡大明帝国时被明太祖以王昌非高丽恭愍郡王江陵大君：王颛，之后而不许入朝为借口，当即就废高丽昌郡王为庶人，改立高丽宗室定昌府院君：王瑶，即位是为高丽恭让郡王。

还宣称王禑不是高丽恭憨郡王后裔，他们父子俩乃是（辛氏后裔）使得辛禑被流放江陵郡，辛昌被流放江华岛，之后两人都被杀害。

然而高丽恭让郡王：王瑶，也只不过是高丽江陵道都统使手中的一个傀儡罢了！因为真正意义上的高丽国实权几乎都在高丽江陵道都统使手上，他还被封为〈开国忠义伯〉食邑一千户、食实封三百户、田二百亩、奴婢二十口，父母妻封爵、子孙荫职。

明洪武二十四年公元1391年，明皇太子：朱标，受命巡视陕西承宣布政司，一方面明太祖想让他去看看西安府是否适合作为都城？因为当时明太祖以应天府为南京、开封府为北京，凤阳府为中都留守司，恰好明广西按察司佥事：胡子祺，又推荐以西安府为都，认为「举天下莫过于关中若也！」

另一方面当时的明秦亲王兼朝廷（宗人府宗人令）：朱樉，以多过失被明太祖召回京师，好让明皇太子趁机调查一下明秦亲王的言行。

然而明皇太子巡视归来后，他献出陕西承宣布政司的地图，又替二皇弟明秦亲王说了一些好话，这才让明太祖放明秦亲王回西安府。

但不料明皇太子本人归来京畿之后就开始劳累成疾病入膏肓，最终于次年四月撒手尘寰！

明太祖很是痛心疾首下令全国哀悼，但是冷静过后他决定跳过儿子辈，直接立明皇太孙：朱允炆，为了加强皇权统治以及打击反对立皇太孙的文武大臣们，明太祖开始让南北镇抚司锦衣卫收集证据，最后以诬告罪名把狂妄不及的明凉国公：蓝玉，定为谋反罪斩杀皇太子系武将集团1万5千人，再加上胡惟庸案的人，总计3万多人！被牵扯进来灭族的不计其数。