司锦衣卫缇骑已经来到，满朝荐就此被捕至京师，下诏狱拷掠，长期关禁。

内外官员们皆为满朝荐鸣不平，上疏论救，自明内阁首辅兼东阁大学士：朱赓，以下就多达了一百一十疏，但明神宗：朱翊钧，却俱不听，因此满朝荐名闻天下。

8月7日，云南承宣布政使司武定府土官，明元谋县知县：阿克，在嘉靖、隆庆年间屡叛讨平，现在又遇到明和曲州知州：郑举，图谋一同起兵恢复故地？

当时明武定府知府：陈典，知其阴谋，畏怯凶恶，急忙携印玺避入云南府境内。

随后武定府地区很快就被叛军攻陷，叛贼阿克为了索印，又长驱直入至云南府地区，并焚掠民屋，声称索不到武定府印玺，誓不罢休。

此时明云南总镇巡抚兼都察院右佥都御史：陈用宾，苦于征调大军未至，且士民环跪泣请“权宜出印与之，计绐贼去，在征兵分道进攻。”

为了云南承宣布政使司云南府百姓们的生命财产安全，明云南总镇巡抚觉得在征调未至的这个情势下，只有用此权宜之计，暂时让叛贼首领：阿克，得到武定府印玺。

果然他在得到印玺后就退兵了。

随后明云南总镇巡抚便指挥云南都指挥使司的滇军，一鼓作气追击叛军，擒其巨魁十二人，并活捉叛贼首领，收回武定府印玺。

9月初1日，明建州左卫军民指挥使：佟·努尔哈赤，借机讨好明辽东总镇总兵：李成梁，并以辉发女真部贝勒：纳拉·拜音达理，兵助叶赫女真部以及聘我二女：爱新觉罗·嫩哲，而不娶为由。

亲自带兵征讨海西辉发女真部。

然而明建州左卫军民左参将：钮祜禄·额亦都，却向他禀报道“女真语：启禀贝勒爷，那辉发部首府在地势险要的扈尔奇山城，又经拜音达理加固城墙易守难攻！若我建州大军一动，可能他辉发军必然会加强戒备闭门坚守强行？攻城虽然可以取胜，但伤亡必然多，倒不如先派出几十名武士，化装成辉发部人，潜入城中在里应外合，那么扈尔奇山城可一鼓作气拿下。”

此举被明建州左卫军民指挥使同意了，随后明建州左卫军民指挥使率领1万建州女真军离开赫图阿拉城，开始包围了辉发女真部首府〈扈尔奇山城〉。

已在城外守候两日的明建州左卫军民左参将，突然来到中军帐内说道“女真语：伏兵已进城二日，各项工作也已完成，可以攻城了。”

于是建州女真大军开始攻入城内，一举灭了辉发女真部。

待建州女真八部军队回到都督府「赫图阿拉」之后，明建州左卫军民指挥使就以明建州右卫军民指挥使：爱新觉罗·舒尔哈齐，按兵不动，故此被削去正蓝旗、镶蓝旗的贝勒爵位。

不甘心的他，就带着长子明建州右卫军民指挥同知：爱新觉罗·阿尔通阿、三子明建州右卫军民镇抚使：爱新觉罗·扎萨克图、商议另立门户，并与兄长实行分庭抗礼，还迁居到〈黑扯木〉。

这里属于大明帝国的辽东都指挥使司重镇［铁岭卫］附近，可以依靠明军保护，东面又是海西乌拉女真部，很方便能联系到盟友。

而明辽东总镇总兵看准时机，急忙与明建州右卫军民指挥使联姻，让二子明宁夏右屯卫总兵：李如柏，娶明建州右卫军民指挥使次女：爱新觉罗娥恩哲，为妻从此两家关系友好。

12月10日，云南承宣布政使司叛贼攻陷了武定府、云南府嵩明州、禄丰县，杀死了明禄丰县知县：苏梦旸，等一大批地方官吏。

叛贼首领：郑举，还立叛军头目：阿克，为武定府知府。

明万历三十六年公元1608年正月初1日，明建州左卫军民指挥同知：爱新觉罗·褚英、明建州左卫军民指挥佥事：爱新觉罗·代善、明建州右卫军民千户：爱新觉罗·阿敏，率领5千人攻打乌拉女真部都城「宜罕阿林城」斩杀乌拉1千人俘虏3百人。

之后再次朝贡大明帝国，这回明建州左卫军民指挥使：佟·努尔哈赤，派出了357人向明神宗交代攻打乌拉女真之事，还忽悠的说“此乃女真家务事，就不劳大明天皇帝陛下您操心了。”

再加上有明辽东总镇总兵：李成梁，的继续袒护之下，明神宗果然不追究其责任了。

不过明辽东总镇总兵才刚刚放弃了宽甸六堡，就导致了海西乌拉女真部的灭亡，这分明是李家有意让建奴做大，此事也引起了辽东都指挥使司官员们的注意，也由此开始弹劾李总镇总兵大人。

明神宗为了让官员们相信，就让都察院去调查，并且暂时由明开原卫副总兵兼辽东都指挥佥事：马林，代替辽东总镇总兵一职位。